O rio das Velhas e o rio Cipó estão entre as áreas de ``Importância Biológica Extrema'' de Minas Gerais, segundo o estudo ``Biodiversidade em Minas Gerais: um atlas para sua conservação'' (Costa et al., 1998). Esse é o segundo nível na hierarquia de importância da classificação. Os motivos da inclusão do rio das Velhas foram a ocorrência de fenômeno biológico especial (piracema), alta riqueza de espécies de distribuição restrita, e sua importância, bem como a de outros grandes afluentes do rio São Francisco, para a manutenção da integridade da planície de inundação deste último em Minas Gerais. A inclusão do rio Cipó se justifica pela presença em suas águas de Characidium lagosantense (Minas Gerais, 1996), a única espécie oficialmente ameaçada de extinção da bacia. Cabe destacar que, no referido estudo, foram destacadas 29 áreas prioritárias para conservação dos peixes no estado.
A degradação ambiental da bacia do rio das Velhas pode ser revertida se algumas medidas de recuperação forem implementadas. A possibilidade de construção de Estações de Tratamento de Esgotos (ETE) em vários municípios é uma perspectiva real de melhoria da qualidade da água do rio a médio prazo. Na Região Metropolitana Belo Horizonte, por exemplo, estão sendo implementados os Programas de Tratamento de Esgotos dos Ribeirões Arruda e Onça (Prosam) e de Revitalização da Lagoa da Pampulha (Propam) que deverão minimizar os impactos negativos sobre as águas da bacia. A crescente preocupação de vários municípios com o adequado recolhimento e disposição do lixo é um fator que deverá também produzir no futuro melhora na qualidade das águas da bacia. Cabe destacar ainda que o Projeto Manuelzão tem tido papel de destaque nesse sentido, mobilizando a população e exigindo das autoridades competentes a adoção de medidas voltadas para a proteção da bacia.
Com a melhoria da qualidade da água, a ictiofauna do rio das Velhas terá plenas condições de recuperar-se, sem a necessidade de adoção de medidas de manejo específicas. A presença de pelo menos 93 espécies de peixes e a manutenção de afluentes bem preservados, como o rio Cipó, são condições suficientes para que espécies que tenham sido extintas em alguns trechos possam repovoá-los. Some-se a isso o fato de que no médio e baixo curso do rio das Velhas e no rio São Francisco, entre as represas de Três Marias e Sobradinho e em seus demais afluentes, não há obstáculos naturais (cachoeiras) ou artificiais (barragens) para o deslocamento dos peixes. Assim, a conectividade do sistema poderá permitir que a recolonização natural do rio das Velhas ocorra a partir dos estoques provenientes desta imensa região da bacia do rio São Francisco.
A recuperação da ictiofauna da bacia do rio das Velhas proporcionaria novas perspectivas para uma atividade pesqueira na região. A maioria das espécies visadas pela pesca desportiva e profissional na bacia do São Francisco, que são as de maior porte, foram registradas neste estudo e eram encontradas em grande abundância à época de Lütken.
Para que as estas mudanças possam ser diagnosticadas e comprovadas com dados científicos, é preciso que haja um monitoramento de longo prazo dos parâmetros de qualidade da água e da ictiofauna. Além dos peixes, a utilização de bioindicadores como fitoplâncton (algas), zôoplâncton (microinvertebrados) e bentos (invertebrados) poderá ratificar os resultados obtidos com os estudos da comunidade de peixes.
O retorno das espécies aos trechos hoje mais poluídos do rio - resultado que o Projeto Manuelzão espera, a médio prazo, colher - será um indicativo da melhoria da qualidade ambiental da bacia, com conseqüente melhoria da qualidade de vida e saúde da população que vive sob sua influência.